Working pamm collective variables and tests based on real data

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/2D-testc-0.75.pammp

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/M1d.pdb

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/M1d_open.xyz

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/Makefile

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/colvar.reference

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/config

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/deriv.reference

regtest/multicolvar/rt-pamm-periodic/plumed.dat

regtest/multicolvar/rt-pamm/clusters.dat

regtest/multicolvar/rt-pamm/colvar.reference

regtest/multicolvar/rt-pamm/config

regtest/multicolvar/rt-pamm/deriv.reference

regtest/multicolvar/rt-pamm/plumed.dat

regtest/multicolvar/rt-pamm/test.pdb

src/multicolvar/PAMM.cpp

src/tools/KernelFunctions.cpp

src/tools/MolDataClass.cpp

src/tools/Tools.cpp

src/tools/Tools.h