# data jsou na gryfovi, zpracovavaji se na helenos,
# v kazdem adresari se udela podadresar ofiko
# a v nem podadresare napr. 01 a 01_GT/TRA a jeste p (pro fantomy)

# ID datasetu
ID=04

# delka datasetu
len=109

# pro orezavani:
#  offsety
x=106; y=90; z=0;
#  velikosti
xs=702; ys=716; zs=96;


# vyrobeni adresarove struktury, k naplneni hned
mkdir -p ofiko/${ID}_GT/TRA_ISO
mkdir -p ofiko/p_ISO

# vyrobeni adresarove struktury, k naplneni pozdeji
mkdir -p udelat_IIaIII
mkdir -p ofiko/${ID}_GT/TRA
mkdir -p ofiko/p

# vyrobeni adresarove struktury, k naplneni jeste pozdeji
mkdir -p ofiko/${ID}
mkdir -p ofiko/${ID}_GT/SEG

# orezavani, kopiruje masky a fantomy z akt. adresare do ofiko
for i in `seq -w 0 $len`; do echo $i;  \
  crop sceneMasks${i}.ics         ofiko/${ID}_GT/TRA_ISO/man_track${i}.tif  $x $y $z $xs $ys $zs; \
  crop scenePhantoms${i}.ics      ofiko/p_ISO/p${i}.tif                     $x $y $z $xs $ys $zs; \
done; \
cp -v tracks.txt  ofiko/man_trackORIG.txt

# opraveni man_trackORIG.txt na man_track.txt,
# take preulozi vsechny man_trackXXX.tif 
cd ofiko/${ID}_GT/TRA_ISO; \
correct_tracks 0 $len |tee ../../corrections.txt | grep -E "warning|tracking"

echo "nyni, revize corrections.txt a pripadne promazani masek"
echo "potom, spusteni dle applymask.txt"

