From f8cd42e2ea8e2c0fd0117891eb5fca98e19cfed4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Giovanni Bussi <giovanni.bussi@gmail.com>
Date: Thu, 3 May 2018 10:14:50 +0200
Subject: [PATCH] Regtest
Some test for the leptonx2 optimization.
Also some test for different functions.
---
regtest/basic/rt20b/COLVAR1.reference | 31 ++
regtest/basic/rt20b/deriv1.reference | 451 ++++++++++++++++++++++++++
regtest/basic/rt20b/plumed.dat | 11 +
regtest/basic/rt42/check1.reference | 109 +++++++
regtest/basic/rt42/plumed.dat | 18 +
5 files changed, 620 insertions(+)
create mode 100644 regtest/basic/rt20b/COLVAR1.reference
create mode 100644 regtest/basic/rt20b/deriv1.reference
create mode 100644 regtest/basic/rt42/check1.reference
diff --git a/regtest/basic/rt20b/COLVAR1.reference b/regtest/basic/rt20b/COLVAR1.reference
new file mode 100644
index 000000000..680ee6551
--- /dev/null
+++ b/regtest/basic/rt20b/COLVAR1.reference
@@ -0,0 +1,31 @@
+#! FIELDS time c1 cs1
+ 0.000000 1.000000 1.000000
+ 1.000000 1.000000 1.000000
+ 2.000000 0.999987 0.999987
+ 3.000000 0.999849 0.999847
+ 4.000000 0.999152 0.999139
+ 5.000000 0.996773 0.996723
+ 6.000000 0.990427 0.990277
+ 7.000000 0.976206 0.975834
+ 8.000000 0.948488 0.947683
+ 9.000000 0.900818 0.899268
+ 10.000000 0.828379 0.825698
+ 11.000000 0.731515 0.727320
+ 12.000000 0.617808 0.611837
+ 13.000000 0.500000 0.492188
+ 14.000000 0.390634 0.381113
+ 15.000000 0.297631 0.286656
+ 16.000000 0.223422 0.211288
+ 17.000000 0.166646 0.153625
+ 18.000000 0.124277 0.110594
+ 19.000000 0.093051 0.078880
+ 20.000000 0.070130 0.055601
+ 21.000000 0.053280 0.038488
+ 22.000000 0.040834 0.025847
+ 23.000000 0.031576 0.016444
+ 24.000000 0.024635 0.009395
+ 25.000000 0.019387 0.004065
+ 26.000000 0.000000 0.000000
+ 27.000000 0.000000 0.000000
+ 28.000000 0.000000 0.000000
+ 29.000000 0.000000 0.000000
diff --git a/regtest/basic/rt20b/deriv1.reference b/regtest/basic/rt20b/deriv1.reference
new file mode 100644
index 000000000..8a26867dc
--- /dev/null
+++ b/regtest/basic/rt20b/deriv1.reference
@@ -0,0 +1,451 @@
+#! FIELDS time parameter c1 cs1
+ 0.000000 0 0.0000 0.0000
+ 0.000000 1 0.0000 0.0000
+ 0.000000 2 0.0000 0.0000
+ 0.000000 3 0.0000 0.0000
+ 0.000000 4 0.0000 0.0000
+ 0.000000 5 0.0000 0.0000
+ 0.000000 6 0.0000 0.0000
+ 0.000000 7 0.0000 0.0000
+ 0.000000 8 0.0000 0.0000
+ 0.000000 9 0.0000 0.0000
+ 0.000000 10 0.0000 0.0000
+ 0.000000 11 0.0000 0.0000
+ 0.000000 12 0.0000 0.0000
+ 0.000000 13 0.0000 0.0000
+ 0.000000 14 0.0000 0.0000
+ 1.000000 0 0.0000 0.0000
+ 1.000000 1 0.0000 0.0000
+ 1.000000 2 0.0000 0.0000
+ 1.000000 3 0.0000 0.0000
+ 1.000000 4 0.0000 0.0000
+ 1.000000 5 -0.0000 -0.0000
+ 1.000000 6 0.0000 0.0000
+ 1.000000 7 0.0000 0.0000
+ 1.000000 8 0.0000 0.0000
+ 1.000000 9 0.0000 0.0000
+ 1.000000 10 0.0000 0.0000
+ 1.000000 11 0.0000 0.0000
+ 1.000000 12 0.0000 0.0000
+ 1.000000 13 0.0000 0.0000
+ 1.000000 14 0.0000 0.0000
+ 2.000000 0 0.0000 0.0000
+ 2.000000 1 0.0000 0.0000
+ 2.000000 2 0.0004 0.0004
+ 2.000000 3 0.0000 0.0000
+ 2.000000 4 0.0000 0.0000
+ 2.000000 5 -0.0004 -0.0004
+ 2.000000 6 0.0000 0.0000
+ 2.000000 7 0.0000 0.0000
+ 2.000000 8 0.0000 0.0000
+ 2.000000 9 0.0000 0.0000
+ 2.000000 10 0.0000 0.0000
+ 2.000000 11 0.0000 0.0000
+ 2.000000 12 0.0000 0.0000
+ 2.000000 13 0.0000 0.0000
+ 2.000000 14 0.0001 0.0001
+ 3.000000 0 0.0000 0.0000
+ 3.000000 1 0.0000 0.0000
+ 3.000000 2 0.0030 0.0031
+ 3.000000 3 0.0000 0.0000
+ 3.000000 4 0.0000 0.0000
+ 3.000000 5 -0.0030 -0.0031
+ 3.000000 6 0.0000 0.0000
+ 3.000000 7 0.0000 0.0000
+ 3.000000 8 0.0000 0.0000
+ 3.000000 9 0.0000 0.0000
+ 3.000000 10 0.0000 0.0000
+ 3.000000 11 0.0000 0.0000
+ 3.000000 12 0.0000 0.0000
+ 3.000000 13 0.0000 0.0000
+ 3.000000 14 0.0009 0.0009
+ 4.000000 0 0.0000 0.0000
+ 4.000000 1 0.0000 0.0000
+ 4.000000 2 0.0127 0.0129
+ 4.000000 3 0.0000 0.0000
+ 4.000000 4 0.0000 0.0000
+ 4.000000 5 -0.0127 -0.0129
+ 4.000000 6 0.0000 0.0000
+ 4.000000 7 0.0000 0.0000
+ 4.000000 8 0.0000 0.0000
+ 4.000000 9 0.0000 0.0000
+ 4.000000 10 0.0000 0.0000
+ 4.000000 11 0.0000 0.0000
+ 4.000000 12 0.0000 0.0000
+ 4.000000 13 0.0000 0.0000
+ 4.000000 14 0.0051 0.0052
+ 5.000000 0 0.0000 0.0000
+ 5.000000 1 0.0000 0.0000
+ 5.000000 2 0.0386 0.0392
+ 5.000000 3 0.0000 0.0000
+ 5.000000 4 0.0000 0.0000
+ 5.000000 5 -0.0386 -0.0392
+ 5.000000 6 0.0000 0.0000
+ 5.000000 7 0.0000 0.0000
+ 5.000000 8 0.0000 0.0000
+ 5.000000 9 0.0000 0.0000
+ 5.000000 10 0.0000 0.0000
+ 5.000000 11 0.0000 0.0000
+ 5.000000 12 0.0000 0.0000
+ 5.000000 13 0.0000 0.0000
+ 5.000000 14 0.0193 0.0196
+ 6.000000 0 0.0000 0.0000
+ 6.000000 1 0.0000 0.0000
+ 6.000000 2 0.0948 0.0963
+ 6.000000 3 0.0000 0.0000
+ 6.000000 4 0.0000 0.0000
+ 6.000000 5 -0.0948 -0.0963
+ 6.000000 6 0.0000 0.0000
+ 6.000000 7 0.0000 0.0000
+ 6.000000 8 0.0000 0.0000
+ 6.000000 9 0.0000 0.0000
+ 6.000000 10 0.0000 0.0000
+ 6.000000 11 0.0000 0.0000
+ 6.000000 12 0.0000 0.0000
+ 6.000000 13 0.0000 0.0000
+ 6.000000 14 0.0569 0.0578
+ 7.000000 0 0.0000 0.0000
+ 7.000000 1 0.0000 0.0000
+ 7.000000 2 0.1991 0.2022
+ 7.000000 3 0.0000 0.0000
+ 7.000000 4 0.0000 0.0000
+ 7.000000 5 -0.1991 -0.2022
+ 7.000000 6 0.0000 0.0000
+ 7.000000 7 0.0000 0.0000
+ 7.000000 8 0.0000 0.0000
+ 7.000000 9 0.0000 0.0000
+ 7.000000 10 0.0000 0.0000
+ 7.000000 11 0.0000 0.0000
+ 7.000000 12 0.0000 0.0000
+ 7.000000 13 0.0000 0.0000
+ 7.000000 14 0.1394 0.1415
+ 8.000000 0 0.0000 0.0000
+ 8.000000 1 0.0000 0.0000
+ 8.000000 2 0.3664 0.3722
+ 8.000000 3 0.0000 0.0000
+ 8.000000 4 0.0000 0.0000
+ 8.000000 5 -0.3664 -0.3722
+ 8.000000 6 0.0000 0.0000
+ 8.000000 7 0.0000 0.0000
+ 8.000000 8 0.0000 0.0000
+ 8.000000 9 0.0000 0.0000
+ 8.000000 10 0.0000 0.0000
+ 8.000000 11 0.0000 0.0000
+ 8.000000 12 0.0000 0.0000
+ 8.000000 13 0.0000 0.0000
+ 8.000000 14 0.2932 0.2977
+ 9.000000 0 0.0000 0.0000
+ 9.000000 1 0.0000 0.0000
+ 9.000000 2 0.5956 0.6049
+ 9.000000 3 0.0000 0.0000
+ 9.000000 4 0.0000 0.0000
+ 9.000000 5 -0.5956 -0.6049
+ 9.000000 6 0.0000 0.0000
+ 9.000000 7 0.0000 0.0000
+ 9.000000 8 0.0000 0.0000
+ 9.000000 9 0.0000 0.0000
+ 9.000000 10 0.0000 0.0000
+ 9.000000 11 0.0000 0.0000
+ 9.000000 12 0.0000 0.0000
+ 9.000000 13 0.0000 0.0000
+ 9.000000 14 0.5361 0.5444
+ 10.000000 0 0.0000 0.0000
+ 10.000000 1 0.0000 0.0000
+ 10.000000 2 0.8530 0.8663
+ 10.000000 3 0.0000 0.0000
+ 10.000000 4 0.0000 0.0000
+ 10.000000 5 -0.8530 -0.8663
+ 10.000000 6 0.0000 0.0000
+ 10.000000 7 0.0000 0.0000
+ 10.000000 8 0.0000 0.0000
+ 10.000000 9 0.0000 0.0000
+ 10.000000 10 0.0000 0.0000
+ 10.000000 11 0.0000 0.0000
+ 10.000000 12 0.0000 0.0000
+ 10.000000 13 0.0000 0.0000
+ 10.000000 14 0.8530 0.8663
+ 11.000000 0 0.0000 0.0000
+ 11.000000 1 0.0000 0.0000
+ 11.000000 2 1.0713 1.0880
+ 11.000000 3 0.0000 0.0000
+ 11.000000 4 0.0000 0.0000
+ 11.000000 5 -1.0713 -1.0880
+ 11.000000 6 0.0000 0.0000
+ 11.000000 7 0.0000 0.0000
+ 11.000000 8 0.0000 0.0000
+ 11.000000 9 0.0000 0.0000
+ 11.000000 10 0.0000 0.0000
+ 11.000000 11 0.0000 0.0000
+ 11.000000 12 0.0000 0.0000
+ 11.000000 13 0.0000 0.0000
+ 11.000000 14 1.1784 1.1968
+ 12.000000 0 0.0000 0.0000
+ 12.000000 1 0.0000 0.0000
+ 12.000000 2 1.1806 1.1991
+ 12.000000 3 0.0000 0.0000
+ 12.000000 4 0.0000 0.0000
+ 12.000000 5 -1.1806 -1.1991
+ 12.000000 6 0.0000 0.0000
+ 12.000000 7 0.0000 0.0000
+ 12.000000 8 0.0000 0.0000
+ 12.000000 9 0.0000 0.0000
+ 12.000000 10 0.0000 0.0000
+ 12.000000 11 0.0000 0.0000
+ 12.000000 12 0.0000 0.0000
+ 12.000000 13 0.0000 0.0000
+ 12.000000 14 1.4167 1.4389
+ 13.000000 0 0.0000 0.0000
+ 13.000000 1 0.0000 0.0000
+ 13.000000 2 1.1538 1.1719
+ 13.000000 3 0.0000 0.0000
+ 13.000000 4 0.0000 0.0000
+ 13.000000 5 -1.1538 -1.1719
+ 13.000000 6 0.0000 0.0000
+ 13.000000 7 0.0000 0.0000
+ 13.000000 8 0.0000 0.0000
+ 13.000000 9 0.0000 0.0000
+ 13.000000 10 0.0000 0.0000
+ 13.000000 11 0.0000 0.0000
+ 13.000000 12 0.0000 0.0000
+ 13.000000 13 0.0000 0.0000
+ 13.000000 14 1.5000 1.5234
+ 14.000000 0 0.0000 0.0000
+ 14.000000 1 0.0000 0.0000
+ 14.000000 2 1.0202 1.0361
+ 14.000000 3 0.0000 0.0000
+ 14.000000 4 0.0000 0.0000
+ 14.000000 5 -1.0202 -1.0361
+ 14.000000 6 0.0000 0.0000
+ 14.000000 7 0.0000 0.0000
+ 14.000000 8 0.0000 0.0000
+ 14.000000 9 0.0000 0.0000
+ 14.000000 10 0.0000 0.0000
+ 14.000000 11 0.0000 0.0000
+ 14.000000 12 0.0000 0.0000
+ 14.000000 13 0.0000 0.0000
+ 14.000000 14 1.4282 1.4506
+ 15.000000 0 0.0000 0.0000
+ 15.000000 1 0.0000 0.0000
+ 15.000000 2 0.8362 0.8493
+ 15.000000 3 0.0000 0.0000
+ 15.000000 4 0.0000 0.0000
+ 15.000000 5 -0.8362 -0.8493
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+ 15.000000 7 0.0000 0.0000
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diff --git a/regtest/basic/rt20b/plumed.dat b/regtest/basic/rt20b/plumed.dat
index 463e8d3db..223915b8a 100644
--- a/regtest/basic/rt20b/plumed.dat
+++ b/regtest/basic/rt20b/plumed.dat
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DUMPDERIVATIVES ARG=c,cs FILE=deriv FMT=%8.4f
+# this is just to make sure that stretching is correct with the optimized x2 implementation
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+cs1: COORDINATION GROUPA=1 GROUPB=2 SWITCH={CUSTOM R_0=1.3 D_MAX=2.6 FUNC=1/(1+x2^3)}
+
+PRINT ...
+ ARG=c1,cs1
+ FILE=COLVAR1
+... PRINT
+
+DUMPDERIVATIVES ARG=c1,cs1 FILE=deriv1 FMT=%8.4f
+
ENDPLUMED
diff --git a/regtest/basic/rt42/check1.reference b/regtest/basic/rt42/check1.reference
new file mode 100644
index 000000000..a059518b3
--- /dev/null
+++ b/regtest/basic/rt42/check1.reference
@@ -0,0 +1,109 @@
+#! FIELDS time c d dfast e f g h
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+ 17.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 18.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 19.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 20.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 21.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 22.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 23.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 24.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
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+ 26.000000 171.1815 171.2953 171.2953 182.5448 182.6585 857.1425 857.1425
+ 27.000000 11555.3194 11555.3194 11555.3194 11555.9968 11555.9968 9813.4170 9813.4170
+ 28.000000 11555.9993 11555.9993 11555.9993 11556.0000 11556.0000 10952.2272 10952.2272
+ 29.000000 11555.7324 11555.7324 11555.7324 11555.9995 11555.9995 10083.8540 10083.8540
+ 30.000000 11555.9999 11555.9999 11555.9999 11556.0000 11556.0000 11126.5294 11126.5294
+ 31.000000 11551.3675 11551.3676 11551.3676 11555.8899 11555.8899 9262.6433 9262.6433
+ 32.000000 11554.8705 11554.8705 11554.8705 11555.9900 11555.9900 9704.2327 9704.2327
+ 33.000000 11555.8052 11555.8052 11555.8052 11555.9998 11555.9998 10036.1770 10036.1770
+ 34.000000 11553.8594 11553.8594 11553.8594 11555.9738 11555.9738 9431.1577 9431.1577
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+ 46.000000 11555.1715 11555.1716 11555.1716 11555.9951 11555.9951 9746.5077 9746.5077
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+ 48.000000 11555.8818 11555.8818 11555.8818 11555.9999 11555.9999 10206.8420 10206.8420
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+ 51.000000 11555.9024 11555.9024 11555.9024 11556.0000 11556.0000 10294.5076 10294.5076
+ 52.000000 11553.8360 11553.8360 11553.8360 11555.9785 11555.9785 9341.5602 9341.5602
+ 53.000000 11550.5747 11550.5748 11550.5748 11555.8742 11555.8742 9101.5537 9101.5537
+ 54.000000 11555.8688 11555.8688 11555.8688 11555.9999 11555.9999 10148.0927 10148.0927
+ 55.000000 11555.9098 11555.9098 11555.9098 11556.0000 11556.0000 10260.4494 10260.4494
+ 56.000000 11555.9968 11555.9968 11555.9968 11556.0000 11556.0000 10772.3540 10772.3540
+ 57.000000 11555.9475 11555.9475 11555.9475 11556.0000 11556.0000 10328.1273 10328.1273
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+ 59.000000 11554.3484 11554.3485 11554.3485 11555.9833 11555.9833 9545.7559 9545.7559
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+ 61.000000 11554.1871 11554.1871 11554.1871 11555.9787 11555.9787 9479.4950 9479.4950
+ 62.000000 11553.9961 11553.9961 11553.9961 11555.9772 11555.9772 9441.4599 9441.4599
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+ 65.000000 11555.9954 11555.9954 11555.9954 11556.0000 11556.0000 10722.0256 10722.0256
+ 66.000000 11555.6342 11555.6342 11555.6342 11555.9992 11555.9992 9924.2156 9924.2156
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+ 80.000000 11555.2733 11555.2733 11555.2733 11555.9964 11555.9964 9793.0432 9793.0432
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+ 83.000000 11555.8667 11555.8667 11555.8667 11555.9999 11555.9999 10172.6161 10172.6161
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+ 93.000000 11554.7613 11554.7613 11554.7613 11555.9908 11555.9908 9563.8592 9563.8592
+ 94.000000 11555.8958 11555.8958 11555.8958 11555.9999 11555.9999 10340.5430 10340.5430
+ 95.000000 11555.8504 11555.8504 11555.8504 11555.9999 11555.9999 10188.6328 10188.6328
+ 96.000000 11553.4806 11553.4806 11553.4806 11555.9709 11555.9709 9306.7080 9306.7080
+ 97.000000 11554.3927 11554.3927 11554.3927 11555.9860 11555.9860 9488.4639 9488.4639
+ 98.000000 11553.9367 11553.9367 11553.9367 11555.9757 11555.9757 9486.2964 9486.2964
+ 99.000000 11555.8015 11555.8015 11555.8015 11555.9998 11555.9998 10061.1075 10061.1075
+ 100.000000 11555.4155 11555.4155 11555.4155 11555.9978 11555.9978 9858.3232 9858.3232
+ 101.000000 11555.2815 11555.2815 11555.2815 11555.9968 11555.9968 9727.2081 9727.2081
+ 102.000000 11549.7314 11549.7315 11549.7315 11555.8361 11555.8361 9060.2674 9060.2674
+ 103.000000 11555.9984 11555.9984 11555.9984 11556.0000 11556.0000 10858.0931 10858.0931
+ 104.000000 11555.3982 11555.3982 11555.3982 11555.9979 11555.9979 9756.6344 9756.6344
+ 105.000000 11555.5026 11555.5027 11555.5027 11555.9983 11555.9983 9887.7851 9887.7851
+ 106.000000 11551.1266 11551.1266 11551.1266 11555.9018 11555.9018 9097.0913 9097.0913
+ 107.000000 11555.7818 11555.7818 11555.7818 11555.9997 11555.9997 10098.5292 10098.5292
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index 02435cbcd..39f0afb24 100644
--- a/regtest/basic/rt42/plumed.dat
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@@ -5,3 +5,21 @@ PRINT ARG=c,d FILE=colvar FMT=%8.4f STRIDE=1
FLUSH STRIDE=1
s: COMBINE ARG=c,d PERIODIC=NO
RESTRAINT ARG=s KAPPA=0 SLOPE=1 AT=0
+
+dfast: COORDINATION GROUPA=1-108 GROUPB=1-108 SWITCH={CUSTOM FUNC=1/(1+x2^3) R_0=1}
+e: COORDINATION GROUPA=1-108 GROUPB=1-108 R_0=1 NN=7 D_0=0.1
+f: COORDINATION GROUPA=1-108 GROUPB=1-108 SWITCH={CUSTOM FUNC=1/(1+x^7) R_0=1 D_0=0.1}
+g: COORDINATION GROUPA=1-108 GROUPB=1-108 SWITCH={EXP R_0=1}
+h: COORDINATION GROUPA=1-108 GROUPB=1-108 SWITCH={CUSTOM FUNC=exp(-x) R_0=1}
+PRINT ARG=c,d,dfast,e,f,g,h FILE=check1 FMT=%8.4f
+# this would check derivatives:
+# DUMPDERIVATIVES ARG=c,d,dfast FILE=der0 FMT=%8.4f
+# DUMPDERIVATIVES ARG=e,f FILE=der1 FMT=%8.4f
+# DUMPDERIVATIVES ARG=g,h FILE=der2 FMT=%8.4f
+
+# to detect errors we just add and subtract biases
+# this should add zero forces
+all: COMBINE ARG=c,d,dfast,e,f,g,h COEFFICIENTS=1,-0.5,-0.5,1,-1,1,-1 PERIODIC=NO
+RESTRAINT ARG=all KAPPA=0 SLOPE=0.001 AT=0
+# SLOPE is very small in order to avoid numerical errors to appear
+# it should be sufficient to detect errors
--
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