diff --git a/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/colvar.reference b/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/colvar.reference
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+ 55.000000 3 -0.2122
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+ 55.000000 9 0.0538
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+ 55.000000 12 -0.3153
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+ 56.000000 3 -0.2908
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+ 56.000000 5 -3.0553
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+ 56.000000 9 0.0696
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+ 57.000000 3 -0.3655
+ 57.000000 4 0.4374
+ 57.000000 5 -3.0678
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+ 59.000000 9 0.0794
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+ 60.000000 3 -0.5467
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+ 60.000000 5 -2.7307
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+ 60.000000 9 0.0676
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+ 124.000000 5 -3.0553
+ 124.000000 6 -0.7219
+ 124.000000 7 0.1840
+ 124.000000 8 -1.8356
+ 124.000000 9 0.1840
+ 124.000000 10 -0.0469
+ 124.000000 11 0.4678
+ 124.000000 12 1.8356
+ 124.000000 13 -0.4678
+ 124.000000 14 4.6674
+ 125.000000 0 -1.2438
+ 125.000000 1 0.1242
+ 125.000000 2 2.9720
+ 125.000000 3 1.2438
+ 125.000000 4 -0.1242
+ 125.000000 5 -2.9720
+ 125.000000 6 -0.7735
+ 125.000000 7 0.0773
+ 125.000000 8 -1.8483
+ 125.000000 9 0.0773
+ 125.000000 10 -0.0077
+ 125.000000 11 0.1846
+ 125.000000 12 1.8483
+ 125.000000 13 -0.1846
+ 125.000000 14 4.4165
+ 126.000000 0 -1.2584
+ 126.000000 1 -0.0635
+ 126.000000 2 2.8361
+ 126.000000 3 1.2584
+ 126.000000 4 0.0635
+ 126.000000 5 -2.8361
+ 126.000000 6 -0.7918
+ 126.000000 7 -0.0400
+ 126.000000 8 -1.7845
+ 126.000000 9 -0.0400
+ 126.000000 10 -0.0020
+ 126.000000 11 -0.0901
+ 126.000000 12 1.7845
+ 126.000000 13 0.0901
+ 126.000000 14 4.0218
+ 127.000000 0 -1.2446
+ 127.000000 1 -0.2529
+ 127.000000 2 2.6773
+ 127.000000 3 1.2446
+ 127.000000 4 0.2529
+ 127.000000 5 -2.6773
+ 127.000000 6 -0.7745
+ 127.000000 7 -0.1574
+ 127.000000 8 -1.6660
+ 127.000000 9 -0.1574
+ 127.000000 10 -0.0320
+ 127.000000 11 -0.3385
+ 127.000000 12 1.6660
+ 127.000000 13 0.3385
+ 127.000000 14 3.5839
+ 128.000000 0 -1.2022
+ 128.000000 1 -0.4394
+ 128.000000 2 2.5300
+ 128.000000 3 1.2022
+ 128.000000 4 0.4394
+ 128.000000 5 -2.5300
+ 128.000000 6 -0.7226
+ 128.000000 7 -0.2642
+ 128.000000 8 -1.5208
+ 128.000000 9 -0.2642
+ 128.000000 10 -0.0966
+ 128.000000 11 -0.5559
+ 128.000000 12 1.5208
+ 128.000000 13 0.5559
+ 128.000000 14 3.2006
+ 129.000000 0 -1.1318
+ 129.000000 1 -0.6190
+ 129.000000 2 2.4265
+ 129.000000 3 1.1318
+ 129.000000 4 0.6190
+ 129.000000 5 -2.4265
+ 129.000000 6 -0.6405
+ 129.000000 7 -0.3503
+ 129.000000 8 -1.3732
+ 129.000000 9 -0.3503
+ 129.000000 10 -0.1916
+ 129.000000 11 -0.7510
+ 129.000000 12 1.3732
+ 129.000000 13 0.7510
+ 129.000000 14 2.9440
+ 130.000000 0 -1.0346
+ 130.000000 1 -0.7872
+ 130.000000 2 2.3893
+ 130.000000 3 1.0346
+ 130.000000 4 0.7872
+ 130.000000 5 -2.3893
+ 130.000000 6 -0.5352
+ 130.000000 7 -0.4072
+ 130.000000 8 -1.2359
+ 130.000000 9 -0.4072
+ 130.000000 10 -0.3098
+ 130.000000 11 -0.9404
+ 130.000000 12 1.2359
+ 130.000000 13 0.9404
+ 130.000000 14 2.8544
+ 131.000000 0 -0.9123
+ 131.000000 1 -0.9401
+ 131.000000 2 2.4265
+ 131.000000 3 0.9123
+ 131.000000 4 0.9401
+ 131.000000 5 -2.4265
+ 131.000000 6 -0.4161
+ 131.000000 7 -0.4288
+ 131.000000 8 -1.1068
+ 131.000000 9 -0.4288
+ 131.000000 10 -0.4419
+ 131.000000 11 -1.1406
+ 131.000000 12 1.1068
+ 131.000000 13 1.1406
+ 131.000000 14 2.9440
+ 132.000000 0 -0.7673
+ 132.000000 1 -1.0740
+ 132.000000 2 2.5300
+ 132.000000 3 0.7673
+ 132.000000 4 1.0740
+ 132.000000 5 -2.5300
+ 132.000000 6 -0.2944
+ 132.000000 7 -0.4121
+ 132.000000 8 -0.9707
+ 132.000000 9 -0.4121
+ 132.000000 10 -0.5768
+ 132.000000 11 -1.3587
+ 132.000000 12 0.9707
+ 132.000000 13 1.3587
+ 132.000000 14 3.2006
+ 133.000000 0 -0.6028
+ 133.000000 1 -1.1856
+ 133.000000 2 2.6773
+ 133.000000 3 0.6028
+ 133.000000 4 1.1856
+ 133.000000 5 -2.6773
+ 133.000000 6 -0.1817
+ 133.000000 7 -0.3573
+ 133.000000 8 -0.8069
+ 133.000000 9 -0.3573
+ 133.000000 10 -0.7028
+ 133.000000 11 -1.5870
+ 133.000000 12 0.8069
+ 133.000000 13 1.5870
+ 133.000000 14 3.5839
+ 134.000000 0 -0.4220
+ 134.000000 1 -1.2718
+ 134.000000 2 2.8361
+ 134.000000 3 0.4220
+ 134.000000 4 1.2718
+ 134.000000 5 -2.8361
+ 134.000000 6 -0.0890
+ 134.000000 7 -0.2683
+ 134.000000 8 -0.5984
+ 134.000000 9 -0.2683
+ 134.000000 10 -0.8088
+ 134.000000 11 -1.8035
+ 134.000000 12 0.5984
+ 134.000000 13 1.8035
+ 134.000000 14 4.0218
+ 135.000000 0 -0.2289
+ 135.000000 1 -1.3305
+ 135.000000 2 2.9720
+ 135.000000 3 0.2289
+ 135.000000 4 1.3305
+ 135.000000 5 -2.9720
+ 135.000000 6 -0.0262
+ 135.000000 7 -0.1522
+ 135.000000 8 -0.3401
+ 135.000000 9 -0.1522
+ 135.000000 10 -0.8851
+ 135.000000 11 -1.9771
+ 135.000000 12 0.3401
+ 135.000000 13 1.9771
+ 135.000000 14 4.4165
+ 136.000000 0 -0.0277
+ 136.000000 1 -1.3597
+ 136.000000 2 3.0553
+ 136.000000 3 0.0277
+ 136.000000 4 1.3597
+ 136.000000 5 -3.0553
+ 136.000000 6 -0.0004
+ 136.000000 7 -0.0188
+ 136.000000 8 -0.0423
+ 136.000000 9 -0.0188
+ 136.000000 10 -0.9244
+ 136.000000 11 -2.0771
+ 136.000000 12 0.0423
+ 136.000000 13 2.0772
+ 136.000000 14 4.6674
diff --git a/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/plumed.dat b/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/plumed.dat
index 03fc07076b965e4db240b8af4dbdb63f815266c8..5e7d5ccb0b0dd77721072c774d9bcfb59a193783 100644
--- a/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/plumed.dat
+++ b/regtest/multicolvar/rt-dist-contour/plumed.dat
@@ -2,5 +2,5 @@ dens: DENSITY SPECIES=2
dc: DISTANCE_FROM_CONTOUR DATA=dens ATOM=1 BANDWIDTH=0.5,0.5,0.5 DIR=z CONTOUR=0.2
PRINT ARG=dc.* FILE=colvar FMT=%8.4f
-DUMPDERIVATIVES ARG=dc.dist FILE=deriv FMT=%8.4f
+DUMPDERIVATIVES ARG=dc.qdist FILE=deriv FMT=%8.4f
diff --git a/src/multicolvar/DistanceFromContour.cpp b/src/multicolvar/DistanceFromContour.cpp
index fb2c11e586f438dfef585ffe2a366e749087e478..0de8592ace12af95d3f9419eae32fd28278f01ec 100644
--- a/src/multicolvar/DistanceFromContour.cpp
+++ b/src/multicolvar/DistanceFromContour.cpp
@@ -102,7 +102,9 @@ PLUMED_REGISTER_ACTION(DistanceFromContour,"DISTANCE_FROM_CONTOUR")
void DistanceFromContour::registerKeywords( Keywords& keys ){
MultiColvarBase::registerKeywords( keys );
- keys.addOutputComponent("dist","default","the distance between the reference atom and the contour");
+ keys.addOutputComponent("dist1","default","the distance between the reference atom and the nearest contour");
+ keys.addOutputComponent("dist2","default","the distance between the reference atom and the other contour");
+ keys.addOutputComponent("qdist","default","the differentiable (squared) distance between the two contours (see above)");
keys.addOutputComponent("thickness","default","the distance between the two contours on the line from the reference atom");
keys.add("compulsory","DATA","The input base multicolvar which is being used to calculate the contour");
keys.add("atoms","ATOM","The atom whose perpendicular distance we are calculating from the contour");
@@ -167,7 +169,9 @@ mymin(this)
rcut2=rcut*rcut;
// Create the values
addComponent("thickness"); componentIsNotPeriodic("thickness");
- addComponentWithDerivatives("dist"); componentIsNotPeriodic("dist");
+ addComponent("dist1"); componentIsNotPeriodic("dist1");
+ addComponent("dist2"); componentIsNotPeriodic("dist2");
+ addComponentWithDerivatives("qdist"); componentIsNotPeriodic("qdist");
// Create sum vessels
std::string fake_input; std::string deriv_input="COMPONENT=2";
if( mybasemulticolvars[0]->isDensity() ){
@@ -248,30 +252,49 @@ void DistanceFromContour::calculate(){
// Now do a search for the two contours
mymin.lsearch( dirv, pos1, &DistanceFromContour::getDifferenceFromContour );
// Save the first value
- double fpos1 = pval[dir]->get();
+ Vector root1; root1.zero(); root1[dir] = pval[dir]->get();
mymin.lsearch( dirv2, pos2, &DistanceFromContour::getDifferenceFromContour );
// Calculate the separation between the two roots using PBC
- Vector root1, root2; root1.zero(); root1[dir]=fpos1; root2.zero(); root2[dir]=pval[dir]->get();
+ Vector root2; root2.zero(); root2[dir]=pval[dir]->get();
Vector sep = getSeparation( root1, root2 ); double spacing = fabs( sep[dir] ); plumed_assert( spacing>epsilon );
getPntrToComponent("thickness")->set( spacing );
// Make sure the sign is right
- double fval, predir=(fpos1*pval[dir]->get()<0)? -1 : 1;
+ double predir=(root1[dir]*root2[dir]<0)? -1 : 1;
// This deals with periodic boundary conditions - if we are inside the membrane the sum of the absolute
// distances from the contours should add up to the spacing. When this is not the case we must be outside
// the contour
- if( predir==-1 && (fabs(fpos1)+fabs(pval[dir]->get()))>(spacing+pbc_param) ) predir=1;
+ if( predir==-1 && (fabs(root1[dir])+fabs(root2[dir]))>(spacing+pbc_param) ) predir=1;
// Set the final value to root that is closest to the "origin" = position of atom
- if( fabs(fpos1)<fabs(pval[dir]->get()) ){ getPntrToComponent("dist")->set( predir*fabs(fpos1) ); fval=fpos1; }
- else { getPntrToComponent("dist")->set( predir*fabs(pval[dir]->get()) ); fval=pval[dir]->get(); }
+ if( fabs(root1[dir])<fabs(root2[dir]) ){
+ getPntrToComponent("dist1")->set( predir*fabs(root1[dir]) );
+ getPntrToComponent("dist2")->set( fabs(root2[dir]) );
+ getPntrToComponent("qdist")->set( predir*fabs(root1[dir])*fabs(root2[dir]) );
+ } else {
+ getPntrToComponent("dist1")->set( predir*fabs(root2[dir]) );
+ getPntrToComponent("dist2")->set( fabs(root1[dir]) );
+ getPntrToComponent("qdist")->set( predir*fabs(root2[dir])*fabs(root1[dir]) );
+ }
// Now calculate the derivatives
if( !doNotCalculateDerivatives() ){
- Value* ival=myvalue_vessel->getFinalValue(); ival->clearDerivatives(); pos1[0]=pos1[1]=pos1[2]=0.0; pos1[dir]=fval;
- derivTime=true; double prefactor = (fval<0)? -1. : 1.; std::vector<double> der(3); getDifferenceFromContour( pos1, der );
- if( mybasemulticolvars[0]->isDensity() ) prefactor *= predir / myderiv_vessel->getOutputValue(); else plumed_error();
- Value* val=getPntrToComponent("dist");
+ Value* ival=myvalue_vessel->getFinalValue(); ival->clearDerivatives();
+ std::vector<double> root1v(3); for(unsigned i=0;i<3;++i) root1v[i]=root1[i];
+ derivTime=true; std::vector<double> der(3); getDifferenceFromContour( root1v, der ); double prefactor;
+ if( mybasemulticolvars[0]->isDensity() ){
+ if( fabs(root1[dir])<fabs(root2[dir]) ) prefactor = predir*fabs(root1[dir]) / myderiv_vessel->getOutputValue();
+ else prefactor = fabs(root2[dir]);
+ } else plumed_error();
+ Value* val=getPntrToComponent("qdist");
for(unsigned i=0;i<val->getNumberOfDerivatives();++i) val->setDerivative( i, -prefactor*ival->getDerivative(i) );
+ ival->clearDerivatives();
+ std::vector<double> root2v(3); for(unsigned i=0;i<3;++i) root2v[i]=root2[i];
+ getDifferenceFromContour( root2v, der );
+ if( mybasemulticolvars[0]->isDensity() ){
+ if( fabs(root1[dir])<fabs(root2[dir]) ) prefactor = fabs(root2[dir]) / myderiv_vessel->getOutputValue();
+ else prefactor = predir*fabs(root2[dir]) / myderiv_vessel->getOutputValue();
+ } else plumed_error();
+ for(unsigned i=0;i<val->getNumberOfDerivatives();++i) val->addDerivative( i, -prefactor*ival->getDerivative(i) );
}
}
@@ -318,7 +341,7 @@ double DistanceFromContour::compute( const unsigned& tindex, AtomValuePack& myat
}
void DistanceFromContour::apply(){
- if( getPntrToComponent("dist")->applyForce( forces ) ) setForcesOnAtoms( forces );
+ if( getPntrToComponent("qdist")->applyForce( forces ) ) setForcesOnAtoms( forces );
}
}