From c8f956a5b085f9f6de4ab7e0c64aaa7257deff6d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Anelli <anelli@mit.edu>
Date: Thu, 18 Aug 2016 18:30:51 +0200
Subject: [PATCH] Fixed bug in reading of dissimilarity matrices
dissimilarity matrix in file should contain dissimilarity not square of dissimilarity
---
.../analysis.0.mymatrix3.dat.reference | 12 ++++-----
.../rt-calc-dissims/mymatrix.dat.reference | 26 +++++++++----------
.../rt-calc-dissims/mymatrix2.dat.reference | 10 +++----
.../rt-calc-dissims/mymatrix3.dat.reference | 12 ++++-----
.../rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference | 4 +--
src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp | 2 +-
src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp | 2 +-
src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp | 2 +-
8 files changed, 35 insertions(+), 35 deletions(-)
diff --git a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/analysis.0.mymatrix3.dat.reference b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/analysis.0.mymatrix3.dat.reference
index 964f0140e..c41cddfd7 100644
--- a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/analysis.0.mymatrix3.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/analysis.0.mymatrix3.dat.reference
@@ -1,6 +1,6 @@
- 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000
- 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000
- 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000
- 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000
- 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000
- 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000
+ 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000
+ 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000
+ 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000
+ 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000
+ 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000
+ 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000
diff --git a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix.dat.reference b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix.dat.reference
index e7c621920..07321a10d 100644
--- a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix.dat.reference
@@ -1,13 +1,13 @@
- 0.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000 64.0000 81.0000 100.0000 121.0000
- 0.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000 64.0000 81.0000 100.0000 121.0000
- 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000 64.0000 81.0000 100.0000
- 4.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000 64.0000 81.0000
- 9.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000 64.0000
- 16.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000 49.0000
- 25.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000 36.0000
- 36.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000
- 49.0000 49.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000
- 64.0000 64.0000 49.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000
- 81.0000 81.0000 64.0000 49.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000
- 100.0000 100.0000 81.0000 64.0000 49.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000
- 121.0000 121.0000 100.0000 81.0000 64.0000 49.0000 36.0000 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000
+ 0.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000 8.0000 9.0000 10.0000 11.0000
+ 0.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000 8.0000 9.0000 10.0000 11.0000
+ 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000 8.0000 9.0000 10.0000
+ 2.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000 8.0000 9.0000
+ 3.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000 8.0000
+ 4.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000 7.0000
+ 5.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000 6.0000
+ 6.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000
+ 7.0000 7.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000
+ 8.0000 8.0000 7.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000
+ 9.0000 9.0000 8.0000 7.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000
+ 10.0000 10.0000 9.0000 8.0000 7.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000
+ 11.0000 11.0000 10.0000 9.0000 8.0000 7.0000 6.0000 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000
diff --git a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix2.dat.reference b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix2.dat.reference
index 5ed581592..bc2c5ae13 100644
--- a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix2.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix2.dat.reference
@@ -1,5 +1,5 @@
- 0.0000 1.0000 9.0000 25.0000 49.0000
- 1.0000 0.0000 4.0000 16.0000 36.0000
- 9.0000 4.0000 0.0000 4.0000 16.0000
- 25.0000 16.0000 4.0000 0.0000 4.0000
- 49.0000 36.0000 16.0000 4.0000 0.0000
+ 0.0000 1.0000 3.0000 5.0000 7.0000
+ 1.0000 0.0000 2.0000 4.0000 6.0000
+ 3.0000 2.0000 0.0000 2.0000 4.0000
+ 5.0000 4.0000 2.0000 0.0000 2.0000
+ 7.0000 6.0000 4.0000 2.0000 0.0000
diff --git a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix3.dat.reference b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix3.dat.reference
index 964f0140e..c41cddfd7 100644
--- a/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix3.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-calc-dissims/mymatrix3.dat.reference
@@ -1,6 +1,6 @@
- 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000 25.0000
- 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000 16.0000
- 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000 9.0000
- 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000 4.0000
- 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000 1.0000
- 25.0000 16.0000 9.0000 4.0000 1.0000 0.0000
+ 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000 5.0000
+ 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000 4.0000
+ 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000 3.0000
+ 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000 2.0000
+ 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000 1.0000
+ 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000
diff --git a/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference b/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference
index a63e08105..328f27d32 100644
--- a/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference
@@ -1,2 +1,2 @@
- 0.0000 0.0171
- 0.0171 0.0000
+ 0.0000 0.1308
+ 0.1308 0.0000
diff --git a/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp b/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
index f90f0a339..8fd4e2cd7 100644
--- a/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
+++ b/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
@@ -71,7 +71,7 @@ void PrintDissimilarityMatrix::performAnalysis(){
std::string ofmt=" "+fmt;
OFile ofile; ofile.setBackupString("analysis"); ofile.open(fname);
for(unsigned i=0;i<getNumberOfDataPoints();++i){
- for(unsigned j=0;j<getNumberOfDataPoints();++j) ofile.printf(ofmt.c_str(), mydata->getDissimilarity( i,j ) );
+ for(unsigned j=0;j<getNumberOfDataPoints();++j) ofile.printf(ofmt.c_str(), sqrt( mydata->getDissimilarity( i,j ) ) );
ofile.printf("\n");
}
ofile.close();
diff --git a/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp b/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
index 717803ac1..e52b3f6f0 100644
--- a/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
+++ b/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
@@ -156,7 +156,7 @@ unsigned ReadDissimilarityMatrix::getNumberOfDataPoints() const {
}
double ReadDissimilarityMatrix::getDissimilarity( const unsigned& iframe, const unsigned& jframe ){
- return dissimilarities( iframe, jframe );
+ return dissimilarities( iframe, jframe )*dissimilarities( iframe, jframe );
}
ReferenceConfiguration* ReadDissimilarityMatrix::getReferenceConfiguration( const unsigned& idata, const bool& calcdist ){
diff --git a/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp b/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
index ec7c165c9..32c30f8ec 100644
--- a/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
+++ b/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
@@ -79,7 +79,7 @@ void DimensionalityReductionBase::performAnalysis(){
}
}
// Calculate matrix of dissimilarities
- Matrix<double> targets( getNumberOfDataPoints(), getNumberOfDataPoints() );
+ Matrix<double> targets( getNumberOfDataPoints(), getNumberOfDataPoints() ); targets=0;
for(unsigned i=1;i<getNumberOfDataPoints();++i){
for(unsigned j=0;j<i;++j) targets(i,j)=targets(j,i)=getDissimilarity( i, j );
}
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