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@@ -1,6 +1,6 @@
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+ 5.0000 4.0000 3.0000 2.0000 1.0000 0.0000
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--- a/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference
+++ b/regtest/analysis/rt-reselect-land/mymatrix.dat.reference
@@ -1,2 +1,2 @@
- 0.0000 0.0171
- 0.0171 0.0000
+ 0.0000 0.1308
+ 0.1308 0.0000
diff --git a/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp b/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
index f90f0a3393de7aa5c5bc2803f765de40dc129d0d..8fd4e2cd78b4c96f95c28359febf679cb0079f41 100644
--- a/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
+++ b/src/analysis/PrintDissimilarityMatrix.cpp
@@ -71,7 +71,7 @@ void PrintDissimilarityMatrix::performAnalysis(){
std::string ofmt=" "+fmt;
OFile ofile; ofile.setBackupString("analysis"); ofile.open(fname);
for(unsigned i=0;i<getNumberOfDataPoints();++i){
- for(unsigned j=0;j<getNumberOfDataPoints();++j) ofile.printf(ofmt.c_str(), mydata->getDissimilarity( i,j ) );
+ for(unsigned j=0;j<getNumberOfDataPoints();++j) ofile.printf(ofmt.c_str(), sqrt( mydata->getDissimilarity( i,j ) ) );
ofile.printf("\n");
}
ofile.close();
diff --git a/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp b/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
index 717803ac1e113ef6e6c19c0e734749674a041133..e52b3f6f0f1e10f6090e9c762361f5ef39a2aeaf 100644
--- a/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
+++ b/src/analysis/ReadDissimilarityMatrix.cpp
@@ -156,7 +156,7 @@ unsigned ReadDissimilarityMatrix::getNumberOfDataPoints() const {
}
double ReadDissimilarityMatrix::getDissimilarity( const unsigned& iframe, const unsigned& jframe ){
- return dissimilarities( iframe, jframe );
+ return dissimilarities( iframe, jframe )*dissimilarities( iframe, jframe );
}
ReferenceConfiguration* ReadDissimilarityMatrix::getReferenceConfiguration( const unsigned& idata, const bool& calcdist ){
diff --git a/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp b/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
index ec7c165c9ff33e4562ff6f334c829ba6898592c9..32c30f8ec3770a78c5d62d4a80b099c225085c1d 100644
--- a/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
+++ b/src/dimred/DimensionalityReductionBase.cpp
@@ -79,7 +79,7 @@ void DimensionalityReductionBase::performAnalysis(){
}
}
// Calculate matrix of dissimilarities
- Matrix<double> targets( getNumberOfDataPoints(), getNumberOfDataPoints() );
+ Matrix<double> targets( getNumberOfDataPoints(), getNumberOfDataPoints() ); targets=0;
for(unsigned i=1;i<getNumberOfDataPoints();++i){
for(unsigned j=0;j<i;++j) targets(i,j)=targets(j,i)=getDissimilarity( i, j );
}