Commit a105b933 authored by Matej Lexa's avatar Matej Lexa
Browse files

Merge branch 'xbegan' into 'main'

Xbegan

See merge request lexa/textbook!2
parents 1f055bab 3a0cf585
Loading
Loading
Loading
Loading
+14 −7
Original line number Diff line number Diff line
@@ -23,7 +23,8 @@ output:
### [alfa-uhlík](https://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_and_beta_carbon)
  + Označení pro centrální atom uhlíku v organických molekulách, který je navázán přímo na funkční skupinu. Vážou se na něj boční řetězce.

### [alternativni_sestřih](https://en.wikipedia.org/wiki/Alternative_splicing)
### [alternativni sestřih](https://en.wikipedia.org/wiki/Alternative_splicing)
  + Proces u [genové exprese](#genova-exprese), díky kterému může z jednoho genu vzniknout více proteinů. Konkrétní [exon](#exon)y můžou být zahrnuty, nebo opomenuty ve výsledné mRNA sekvenci, co umožňuje syntetizovat různé izoformy daného [protein](#protein)u.
  
### [amino-konec](https://en.wikipedia.org/wiki/N-terminus) (N-konec)
  + Amino-konec je ten konec proteinu nebo polypetidu, na kterém se nachází volná aminová skupina -NH2. 
@@ -357,10 +358,13 @@ output:
### [regulace genove exprese](https://en.wikipedia.org/wiki/Regulation_of_gene_expression)

### [restrikcni endonukleaza](https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme)
  + Jedná se o kategorii [enzym](#enzym)ů, ktoré štěpí řetězce DNA na fragmenty přímo ve, nebo v blízkosti specifických rozpoznávacích míst známých jako [restrikční místa](#restrikcni-misto).

### [restrikcni mapa](https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_map)
  + Mapa známích restrikčních míst v rámci sekvence DNA. Používají se zejména jako refetence pro konstrukci plasmidů nebo jiných relativně krátkých sekvencí DNA.  

### [restrikcni misto](https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_site)
  + Místo v DNA zložené z několika (4-8) konkrétních [dusíkatých báz](#báze) tvořících sekvenci, která je rozpoznána [restrikčními enzymami](#restrikcni-endonukleaza). 

### [retrotranspozon](https://en.wikipedia.org/wiki/Retrotransposon)

@@ -374,7 +378,7 @@ output:
  + Pěti-uhlíkový cukr (monosacharid; pentóza; C5H10O5). Spolu s [deoxyribózou](#deoxyribóza) je součástí [nukleotid](#nukleotid)ů. Ribonukleotidy jsou stavebnímy bloky [RNA](#RNA). 

### [ribozom](https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome)
  + Část buňky zabezpečující spájení [aminokyselin](#aminokyselina) dle [kodónů](#kodon) předaných pomocí [mRNA](#mRNA) během [translace](#translace).
  + Buneční organela zabezpečující spájení [aminokyselin](#aminokyselina) dle [kodónů](#kodon) předaných pomocí [mRNA](#mRNA) během [translace](#translace).

### [ribozym](https://en.wikipedia.org/wiki/Ribozyme)

@@ -409,18 +413,21 @@ output:
### [DNA sonda](https://en.wikipedia.org/wiki/Hybridization_probe)

### [start kodon](https://en.wikipedia.org/wiki/Start_codon)
   + [Kodon](#kodon) označující začátek [translace](#translace). Nejčastěji je tento [kodon](#kodon) reprezentován trojicí AUG.
  + [Kodon](#kodon) označující začátek [translace](#translace). Je to první [mRNA](#mrna) [kodon](#kodon), který je překládaný [ribozom](#ribozom)em. U eukaryotů vždycky kóduje methionin. Nejběžneji se jedná o AUG.

### [stericka kolize](https://en.wikipedia.org/wiki/Steric_effects)
  + U proteinů situace, kdy modelování nebo změna konformace by vyžadovala kolizi (či dokonce překrytí) dvou částí makromolekuly v prostoru. Mezí takových změn konformace jsou Van der Waalsovy poloměry atomů.

### ["sticky end"](https://en.wikipedia.org/wiki/Sticky_and_blunt_ends)
  + Konec [DNA](#dna) molekuly, přičemž jedno vlákno [DNA](#dna) je delší než to druhé, teda existují na jeho konci nespárované nukleotidy. Jeho opakem je [blunt end](#"blunt end").
  + Konec [DNA](#dna) molekuly, přičemž jedno vlákno [DNA](#dna) je delší než to druhé, teda existují na jeho konci nespárované nukleotidy. Jeho opakem je [blunt end](#"blunt end"). Nejčastěji vznikají tehdy, když [restrikční endonukleáza](#restrikcni-endonukleaza) rozdělí dvouzávitnicovou DNA v jednotlivých vláknech na rozdílných místech. Vznikne tak něco, co se v angličtine označuje *overhang* (do češtiny to můžeme přeložit jako *převis*). Když endonukleáza takto rozdelí DNA, vzniknou dva komplementární řetězce, ktoré mohou být opět "zlepeny" [ligázou](#ligaza). <br />
    5'-ATCTGACT   &emsp;     GATGCGTATGCT-3' <br />
    3'-TAGACTGACTACG &emsp;       CATACGA-5'

### [stop kodon](https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon)
  + 3 [kodóny](#kodon), které [ribozómom](#ribozom) nedávají instrukci ke vložení specifické [aminokyseliny](#aminokyselina), ale zapřičiňují konec [translace](#translace). Obvykle je to jeden z [kodonů](#kodon) UAA, UAG nebo UGA.
  + Triplet nukleotidů v [mRNA](#mrna), signalizující ukončení [translace](#translace) proteinu. Tyto nukleotidy [ribozómom](#ribozom) nedávají instrukci ke vložení specifické [aminokyseliny](#aminokyselina), ale zapřičiňují konec [translace](#translace). Obvykle je to jeden z [kodonů](#kodon) UAA, UAG nebo UGA.

### [strukturni protein](https://en.wikipedia.org/wiki/Protein#Structural_proteins)
  + Strukturní proteiny propůjčují jinak tekutým biologickým komponentům tuhost a pevnost. Mezi známé proteiny z této kategorie patří kolagen, elastin, keratin, nebo také myosin.

### [substituce](https://en.wikipedia.org/wiki/Point_mutation)

@@ -464,7 +471,7 @@ output:
  + Určená počtem nespárovaných elektronů ve nejvnějším orbitu atomu, representuje jeho vazobnou kapacitu.

### [vodikova vazba](https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond)
  + Vazba mezi nukleovými bázemi. Zabezpečuje chemickou interacki mezi [adeninem](#adenin) a [tyminem](#tymin) (2 vodíkové vazby) a mezi [guaninem](#guanin) a [cytozinem](#cytozin) (3 vodíkové vazby).
  + Elektrostatická síla medzi atomem vodíka, který tvoří kovalentnou vazbu s negativně nabitým atomem (například kyslíkem nebo dusíkem) zvaným *donor* a druhým negativně nabitým atomem s volným párem elektronů, zvaným *akceptor* (teké to může být kyslík nebo dusík). Je to teké vazba mezi nukleovými bázemi. Zabezpečuje chemickou interacki mezi [adeninem](#adenin) a [tyminem](#tymin) (2 vodíkové vazby) a mezi [guaninem](#guanin) a [cytozinem](#cytozin) (3 vodíkové vazby).

### [zarovnani sekvenci](https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment)
  + Zarovnání sekvencí ([proteinů](#protein), [DNA](#DNA) nebo [RNA](#RNA)) pod sebe a případně doplnění mezer takové, že odpovídající si nukleoové báze či aminokyseliny leží pod sebou. Snažíme se tedy "mít nad sebou co nejčastěji stejná písmena". Cílem zarovnání je nalézt ve srovnávaných sekvencích podobné úseky, které mohou poukazovat na jejich příbuznost.